Βόρεια του νησιού, είναι κτισμένος ο Ναός της Αθηνάς Αφαίας, μέσα στα πεύκα με υπέροχη θέα στην θάλασσα. Είναι Δωρικού ρυθμού και είναι κτισμένος από τοπικό πωρόλιθο. Βρίσκεται σε πολύ καλή κατάσταση, αφού σώζονται 24 από τις 34 συνολικά κολώνες του ναού.

Στο μικρό αρχαιολογικό μουσείο της Αφαίας παρουσιάζονται κυρίως εκθέματα και αναπαραστάσεις του παλιού ναού που κτίσθηκε το 575 π.χ. και κάηκε για να κατασκευασθεί στη θέση του ο ναός που σώζεται σήμερα.

Έχει κτιστεί το 480 π.Χ. μετά τη ναυμαχία της Σαλαμίνας. Περισσότερες πληροφορίες για την Αφαία μας δίνει ο Παυσανίας από κάποιες παραδόσεις της Κρήτης. Σύμφωνα με αυτές, από το Δία και την Κάρμη γεννήθηκε η Βριτόμαρτις που αγαπούσε πολύ το κυνήγι και γι' αυτό τη συμπάθησε ιδιαίτερα η θεά Άρτεμις. Την ερωτεύτηκε όμως ο Μίνωας και για να γλιτώσει από αυτόν έπεσε στη θάλασσα και μπλέχτηκε στα δίχτυα κάποιον ψαράδων που την πήραν μαζί τους στο καράβι.

Εκεί όμως την ερωτεύτηκε ένας από τους ναύτες και έτσι η Βριτόμαρτις αναγκάστηκε και πάλι να πέσει στη θάλασσα για να γλιτώσει και κολυμπώντας βγήκε στο νησί από όπου περνούσε το καράβι αυτό, την Αίγινα. Η κοπέλα πήρε αμέσως το δρόμο προς το δάσος του νησιού και σιγά σιγά οι ναύτες από το πλοίο την έβλεπαν να χάνεται σαν με κάποια θεϊκή επέμβαση, και γι' αυτό την ονόμασαν Αφαία (άφαντη - αφανέρωτη). Όταν έχει καθαρή ατμόσφαιρα βλέπεις το Ναό του Ποσειδώνα στο Σούνιο και την Ακρόπολη των Αθηνών. Λένε ότι οι τρεις ναοί σχηματίζουν ένα ισοσκελές τρίγωνο (το ιερό τρίγωνο της αρχαιότητας).

Η Κολώνα είναι ο αρχαιολογικός χώρος, από τα ευρήματα του οποίου η ιστορία αντλεί πληροφορίες για την αρχαία Αίγινα. Βρίσκεται αριστερά από το λιμάνι της Αίγινας και αποτέλεσε την Ακρόπολη της Αίγινας στην αρχαιότητα.

Αποτέλεσε την θρησκευτική και την πολιτική βάση της πόλης. Το όνομα δόθηκε από την μοναδική κολώνα που σώζεται μέχρι και σήμερα. Η πρώτη κατοίκηση της Κολώνας ανάγεται περίπου το 3500 π.Χ., στην Εποχή του Χαλκού.

Ο οικισμός είχε οχυρωθεί για να προστατεύεται με τείχος, η κατασκευή του οποίου έγινε περί το 3000 π.Χ. Ο οικισμός καταστράφηκε αλλεπάλληλα, περί τις 10 φορές, και ανοικοδομήθηκε. Σώζονται τα βόρεια τείχη, η κατασκευή των οποίων ανάγεται περίπου στο 1600 π.Χ. και κάποια ερείπια που χρονολογούνται γύρω στο 1300 π.Χ.

Στην νότια πλευρά της περιοχής υπάρχουν κατάλοιπα Βυζαντινών χτισμάτων και ψηλά στον λόφο υπολείμματα από τις κατοικίες των ιερέων.

Το Ελλάνιο Όρος είναι το πιο ψηλό βουνό της Αίγινας. Έχει ύψος 532 μ. και στην κορυφή του βρίσκεται το Εκκλησάκι του Προφήτη Ηλία (της Ανάληψης). Η θέα από την κορυφή του Ελλάνιου Όρους είναι φανταστική. Κυριολεκτικά αγναντεύεις όλον τον Σαρωνικό.

Κατά τη μυθολογία σε περίοδο ξηρασίας ο Αιακός παρακάλεσε τον Δία για να βρέξει. Οι παρακλήσεις του εισακούστηκαν και στην συνέχεια ο Αιακός έχτισε ένα ιερό προς τιμήν του Ελλάνιου Δία, στην σημερινή θέση Σφυρίχτρες. Σώζεται ένας αναλημματικός τοίχος ύψους 5 μέτρων, κτισμένος με πολυγωνική τοιχοδομία ελληνιστικής εποχής και δίπλα του μια πέτρινη σκάλα. Στο πάνω μέρος της σκάλας υπάρχει ένας επίπεδος χώρος επάνω στον οποίο είχε κτιστεί το ιερό του Ελλάνιου Δία.

Εκεί που είναι κτισμένη η εκκλησία βρίσκονται τα ερείπια κτιρίου με πλάτος 20μ και μήκος 29μ που την οροφή του κρατούσαν 3 σειρές από 5 κολώνες η καθεμία. Πιθανόν η αίθουσα αυτή να ήταν ξενώνας. Λίγο ψηλότερα υπάρχει μεγάλη υπαίθρια παραδοσιακή δεξαμενή ( Σουβάλα). Σε μια δεύτερη σουβάλα λίγο πιο ψηλά βρέθηκε υδρία με επιγραφή αφιέρωσης στον Ελλάνιο Δία.

Από τις ανασκαφές που έγιναν στον αρχαιολογικό χώρο βρέθηκαν μία χάλκινη υδρία, κοσμήματα, μεταλλικά αντικείμενα και πιθάρια με σιτάρι. Πάνω από το βωμό του Ελλάνιου Δία υπάρχει σήμερα η Εκκλησία των Ταξιαρχών. Ο ναός χτίστηκε πάνω στα ερείπια αρχαίου ειδωλολατρικού ιερού που βρισκόταν στην ίδια θέση και είναι σταυροειδής με τρούλο.